Plusieurs lots d'archives scientifiques liées à l'égyptologie, l'archéologie du Soudan ancien ou encore la papyrologie, et en relation avec la Collection IPEL de l'Université de Lille, sont hébergés à HALMA:

* archives égyptologiques de Pierre-Marie Chevereau

* archives soudanaises de Patrice Lenoble

* archives privées de Jacques Vandier, et dessins de Jeanne Vandier d'Abbadie, légués avec le fonds Vandier à l'origine de l'actuelle bibliothèque d'égyptologie du site Pont-de-bois.

* archives en lien avec les fouilles de l'Université de Lille 3 au Soudan

* plaques de verre Pierre Jouguet, helléniste spécialiste de l’Égypte gréco-romaine, fondateur de l'Institut de Papyrologie de Lille inauguré en 1904, puis de l'Institut de Papyrologie de la Sorbonne en 1920.

Les archives Jean Vercoutter sont quant à elles hébergées au SCD de l'Université de Lille, comme celles de Francis Geus.